blob: 14d792ade8d52eaf0f7a9059d1d78d58d57096c0 (
plain) (
blame)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
|
>ONE Homo sapiens alu
CGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAC
CTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACA
GGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCAT
GTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAA
AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTC
TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGG
GTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACC
ACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTG
GTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCT
GGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTC
TCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAAT
TTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCT
GACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCA
CCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC
GCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC
TCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTA
GTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGAT
CCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCT
TTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTC
ACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTG
GGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGT
TTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGG
CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAG
TCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCG
CCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGC
GCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGG
CCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC
TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCG
CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCA
AGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCC
CGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTC
GAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC
GTGAGCCACCGCGCCCGGCC
>TWO IUB ambiguity codes
TAGGDHACHATCRGTRGVTGAGWTATGYTGCTGTCABACDWVTRTAAGAVVAGATTTNDA
GASMTCTGCATBYTTCAAKTTACMTATTACTTCATARGGYACMRTGTTTTYTATACVAAT
TTCTAKGDACKADACTATATNTANTCGTTCACGBCGYSCBHTANGGTGATCGTAAAGTAA
CTATBAAAAGATSTGWATBCSGAKHTTABBAACGTSYCATGCAAVATKTSKTASCGGAAT
WVATTTNTCCTTCTTCTTDDAGTGGTTGGATACVGTTAYMTMTBTACTTTHAGCTAGBAA
AAGAGKAAGTTRATWATCAGATTMDDTTTAAAVAAATATTKTCYTAAATTVCNKTTRACG
ADTATATTTATGATSADSCAATAWAGCGRTAGTGTAAGTGACVGRADYGTGCTACHVSDT
CTVCARCSYTTAATATARAAAATTTAATTTACDAATTGBACAGTAYAABATBTGCAGBVG
TGATGGDCAAAATBNMSTTABKATTGGSTCCTAGBTTACTTGTTTAGTTTATHCGATSTA
AAGTCGAKAAASTGTTTTAWAKCAGATATACTTTTMTTTTGBATAGAGGAGCMATGATRA
AAGGNCAYDCCDDGAAAGTHGBTAATCKYTBTACBGTBCTTTTTGDTAASSWTAAWAARA
TTGGCTAAGWGRADTYACATAGCTCBTAGATAWAGCAATNGTATMATGTTKMMAGTAWTC
CCNTSGAAWATWCAAAAMACTGAADNTYGATNAATCCGAYWNCTAACGTTAGAGDTTTTC
ATCTGGKRTAVGAABVCTGWGBTCTDVGKATTBTCTAAGGVADAAAVWTCTAGGGGAGGG
TTAGAACAATTAAHTAATNAAATGCATKATCTAAYRTDTCAGSAYTTYHGATRTTWAVTA
BGNTCDACAGBCCRCAGWCRTCABTGMMAWGMCTCAACCGATRTGBCAVAATCGTDWDAA
CAYAWAATWCTGGTAHCCCTAAGATAACSCTTAGTGSAACAWTBGTCDTTDGACWDBAAC
HTTTNGSKTYYAAYGGATNTGATTTAARTTAMBAATCTAAGTBTCATYTAACTTADTGTT
TCGATACGAAHGGCYATATACCWDTKYATDCSHTDTCAAAATGTGBACTGSCCVGATGTA
TCMMAGCCTTDAAABAATGAAGAGTAACTHATMGVTTAATAACCCGGTTVSANTGCAATT
GTGAGATTTAMGTTTAMAAYGCTGACAYAAAAAGGCACAMYTAAGVGGCTGGAABVTACG
GATTSTYGTBVAKTATWACCGTGTKAGTDTGTATGTTTAAAGGAAAAAGTAACATARAAA
GGTYCAMNYAAABTATAGNTSATANAGTCATCCTATWADKAACTRGTMSACDGTATSAYT
AAHSHGTAABYGACTYTATADTGSTATAGAGAAATCGNTAAAGGAAATCAGTTGTNCYMV
TNACDRTATBNATATASTAGAAMSCGGGANRCKKMCAAACATTNAGTCTRMAATBMTACC
CGTACTTCTBGDSYAATWGAAAATGACADDCHAKAAAYATATTKTTTTCACANACWAGAA
AKATCCTTATTAYKHKCTAAACARTATTTTDATBTVWCYGCAATACTAGGKAAASTTDGA
MGGCHTTHAATVCAHDRYAGGRCTATACGTCMAGAGAGCTBTHGNACARTCCBDCTAAGA
GCGGCTTTARTAAAGAATCCNAGTAWBTGACTTGAATTACWTVACAGAAABCAATNAAAC
CGTNTRANTTGAYCMAWBADTANABRGGTKTHTWTAGTTVCTMBKTAGMTVKCCAGCANT
TVAGSWTTAGCCGCRHTTTCCTTHNTATTAAGAAGAATAGGMTRAARTCTABGTACDTTT
TATAAVDHAHTATAGATCCTAGTAAGYTWATDWCATGAGGGATAGTAAMDMNGBASTWAM
TSTATRBAYDABATGTATATYCGCACTGTTTTAACMCWBTATAWAGTATBTSTATVTTAR
CCTMTTAAKADATCAACTAATYTSVTAKGDATTATGCKTCAYCAKAATACTTKAANGAGT
ATTSDAGATCGGAAATACTTAAYAAVGTATMCGCTTGTGTDCTAATYTATTTTATTTWAA
CAGWRCTATGTAGMTGTTTGTTYKTNGTTKTCAGAACNTRACCTACKTGSRATGTGGGGG
CTGTCATTAAGTAAATNGSTTABCCCCTCGCAGCTCWHTCGCGAAGCAVATGCKACGHCA
ACAKTTAATAACASAAADATTWNYTGTAATTGTTCGTMHACHTWATGTGCWTTTTGAAHY
ACTTTGTAYAMSAAACTTAADAAATATAGTABMATATYAATGSGGTAGTTTGTGTBYGGT
TWSGSVGWMATTDMTCCWWCABTCSVACAGBAATGTTKATBGTCAATAATCTTCTTAAAC
ARVAATHAGYBWCTRWCABGTWWAATCTAAGTCASTAAAKTAAGVKBAATTBGABACGTA
AGGTTAAATAAAAACTRMDTWBCTTTTTAATAAAAGATMGCCTACKAKNTBAGYRASTGT
ASSTCGTHCGAAKTTATTATATTYTTTGTAGAACATGTCAAAACTWTWTHGKTCCYAATA
AAGTGGAYTMCYTAARCSTAAATWAKTGAATTTRAGTCTSSATACGACWAKAASATDAAA
TGYYACTSAACAAHAKTSHYARGASTATTATTHAGGYGGASTTTBGAKGATSANAACACD
TRGSTTRAAAAAAAACAAGARTCVTAGTAAGATAWATGVHAAKATWGAAAAGTYAHVTAC
TCTGRTGTCAWGATRVAAKTCGCAAVCGASWGGTTRTCSAMCCTAACASGWKKAWDAATG
ACRCBACTATGTGTCTTCAAAHGSCTATATTTCGTVWAGAAGTAYCKGARAKSGKAGTAN
TTTCYACATWATGTCTAAAADMDTWCAATSTKDACAMAADADBSAAATAGGCTHAHAGTA
CGACVGAATTATAAAGAHCCVAYHGHTTTACATSTTTATGNCCMTAGCATATGATAVAAG
>THREE Homo sapiens frequency
ATATTTATCTTTTCACTTCCTACATTGGTCAGACCATTATTCGACACGTGGCGTCATTTT
GTCATACCGGGTAATGTTGGAAACAAAACGTACTGATAAAATACTGAGTTGTAAACTCTA
ATCAGATAACGCGCTTGGATATTAAGATTCACACAGGGGTTTCGGCTGTAAAAAAACTTG
TGGAGCTGTTCTGGGACAGATAAGTTGTACCTCGTACTTAGCTAATTAATGAACCAACTG
ATTACGATAGAACAATTCTGAGGCCGCCAGGACAGCCAAATTTTAATCTTATAAAGCTGG
AAACAGCCGGTATTAGCTTCTCGCATACTTTGCCTGCATTGGTACCTTACAGATATCAGC
GTAGTCATATACACCTCGGTCTCAGCTAAGCTTGTATCTCTTAGAGTAGTTCAAAGATAG
TGGACAATACCTGTGGAATCGATTGCAGATATGGATTTATTTAACTACTGAGTCTCATTC
ACAAGCTAAGCAAGGAGCACGTTTTGGTGCCGGCATACCGATTTGCTATCATGTCAGCAA
ATTTGCGTTGTATTCCTAGTTGCACCCATTAAGGCCACACTCCGAACCTAATTATTACAT
CGCAAAGACATGTACGAAGGACCCGATGTCGAATAGAAGGGAGGACTGTTCATTGGAAGC
TAGACCAGAGGAATCGCAAAGATGCAACTCTTACAATAAAAATCTAATTTCAGTCAACAC
GCAATTTCTATAAGGTTTCCGATAATAATGAACCGTCTTCCACAGGGGAATTTGCCATGC
TCGTAAAAGTAGTTAATCCAAGTAGAAGAAATTTTGATAATGTTTTAAGTTGGCACGAAG
GAATTCAGAGAGATCTTACCTAACAAAGGCATTAGTAGATGTTCCTTGGTTCACACTCGG
TCAATCAGAGCACATACTACGGGCGATACCGGGAATGACACAACATCAATGAGATTGTTA
AGTGAGGTAATTGACTTTAGAGGACTCGATCAGTATACTGTCACTATGAACATCGTATTA
ATTGTTATCCGATATATACACCACCGATTTGCTTGTGCAAGGTTACAGACCCATTCGATA
AATACAAACACGGAGCGATATTATTTAAGGAGTGCTGTCTTCAAAAGAATTATTCCCACA
CCGACATAAGAACTTCGCTCCGTCATTCCAGATTTAAATAACATAACGTAACGCTTTGCT
GATAACATAACATAACCGAGAATTTGCTTAGGAAATTTGGAGCAATATTGCATTGTTTCT
CAGTCATCACAAGGCCCGCCAAAGAACTCTGAGAATCAGGATTCAACATGATTGGTAAGA
CTCTATATATATAACTTAATTCTTGTGTCCGGAGATAGAAAGAGGACGAGAGATACTACG
AAAGAAAGTGTACTTCGATGTATCAATTCAGACGCCTTCTCTATCATCAACATTATAGGT
CTCGTATATGCTCGGCGCGATCTGCTTCTCTCCGCCAATAGCCCCATAGTGTATTTCAAG
CGCAGTAACAGTGAAATCGTTACGAAGGTAGGGATGTTGCTTATAATTGTCGTAACTTAT
CGCTTATGTATCTTTCAAGAATGAACGGCAGCATATACATACGTTCTACCTTTAGCTACA
AAGCATCCATATACTCCCTCTCATGATTGAAACTCTTCCCTATTTTGTAGCCAATAGTGA
AAGCGTATTAGTATAAATTCGTCGGTTTTTCACTCGCAACTGTTATACTCTGCAAACAAA
CGAAAGCCTCATAGTACAAACCTAAAGCTACATACTTCATCATTGGCAGACCAGTGGCGG
TATTTCTACGGAAGCATCACTATAGATATAAAGTTTCCCTTCATGTACGTCTGTTAACCA
TATCACAAGAAACTGCTATCTCTGTCACGTAACAATTCACGCGCCTTATCGCCAAATGTT
CATATATGCGCGGTATACGTATGAACGAATACTAATTAGTATAACGGAGGATTCACGGGA
GGGATACTTGGGGCATTTATAAATCGTCTAAAAATTTTCTATCAGCACTTGCGGGTTATA
GTGGATTACTAGGCAACATAATATTCTGTATTGGTCCAAATGACGCTATAGATAAATTAG
CAAAATACATTGTTTCCATTTATGTAAGTCGAAACTCCAGGACTCCCGGGAACCAGTTAA
ACCGTCTGGAAAAGACACATTGTGAGCGGGACTTCAATGATAGCTTTCAATGAGCTTCTC
ATGCTTGGGGTCTGTACATATATGTTGGCGAAATTATCGTCTGTATTCTGTTATGCTTTG
ATCATGGGTTATTAGTATAGTGTCCGGTTAAGTACCAATACCGCTAGAGACCCGACCTAA
GTCGATAACTAACGATCATCGACGTAAGGATCGTCTCGATCAGTACTTCAGTCTAGATCT
GGGAATAGTAACTCGTTAGTGAACTATGTCGTGTCATAACTCTAAAATGCAATCAAATCT
TATTATTGAGTATTGATTATATAAAGCATCCGCTTAGCTTTACCCTCAAATGTTATATGC
AATTTAAAGCGCTTGATATCGTCTACTCAAGTTCAGGTTTCACATGGCCGCAACGTGACG
TTATTAGAGGTGGGTCATCATCTCTGAGGCTAGTGATGTTGAATACTCATTGAATGGGAA
GTGGAATACCATGCTCGTAGGTAACAGCATGACCTATAAAATATACTATGGGTGTGTGGT
AGATCAATATTGTTCAAGCATATCGTAACAATAACGGCTGAAATGTTACTGACATGAAAG
AGGGAGTCCAAACCATTCTAACAGCTGATCAAGTCGTCTAAAAACGCCTGGTTCAGCCTT
AAGAGTTATAAGCCAGACAAATTGTATCAATAGAGAATCCGTAAATTCCTCGGCCAACCT
CTTGCAAAGACATCACTATCAATATACTACCGTGATCTTAATTAGTGAACTTATATAAAT
ATCTACAACCAGATTCAACGGAAAAGCTTTAGTGGATTAGAAATTGCCAAGAATCACATT
CATGTGGGTTCGAATGCTTTAGTAATACCATTTCGCCGAGTAGTCACTTCGCTGAACTGT
CGTAAATTGCTATGACATAATCGAAAAGGATTGTCAAGAGTCGATTACTGCGGACTAATA
ATCCCCACGGGGGTGGTCTCATGTCTCCCCAGGCGAGTGGGGACGGTTGATAAACACGCT
GCATCGCGGACTGATGTTCCCAGTATTACATAGTCACATTGGATTGCGAGTAGTCTACCT
ATTTATGAGCGAGAGATGCCTCTAACTACTTCGACTTTTAAAACCTTTCCACGCCAGTAT
TCGGCGAAAGGGAAGTATTAAGGGTTGTCATAATTAAGCTGATACCACTTCAGACTTTGC
TCTACTTCTGTCTTTCATTGGTTTAGTAAAGTCTGTCCATTCGTCGAGACCGTCTTTTGC
AGCCTCATTCTACCAACTGCTCCGACTCTTAGTCTGCTTCTCCCAGCGTTATAACAAGAG
GCATTTTGTCATCCTTAAAACAATAATAAAGAACTCGGAGCACTGATATAATGACTGAAT
TAGAACCGCTTAAAAATACAACGAATAGATAAGACTATCGGATAAGATCTAATATGTAGT
GATTAAGCCCTTTATTAATTAATAATAGTTACCCTTTCTGATGTAACGCGACATATTACG
ATTTAGTGGCACGTCTGAATTGCAAAGCAGATCTCTACCCGATTTTTATTATAAATCCCG
TATACATCTTGACTTGAGTAATTGTTCATCTTTTTATATCTCTTCGTACTACAAATAATT
AATATCTCAACCCGTATTGTGTGATTCTAATTACCAACAGAATACGAGGAGGTTTTTGCT
TAGGGCCATATATAATGAATCTATCTCGTTTATTCGCGGAACCCGAGATAACATTACGAT
GTAACTATTTTAGAGAACTTAATACAAGAAACATTGCTGATTACTCATAACTAAATGCTT
GGTAATATATCCTCAGTGCCCCTACCATCTTTTACGCAGGGATGTAATTACTTAGGATTC
ATTGTGTAAGAATTACAATGAACGATGGATATGAAGGCATGTTGCGAGGTGTTCCTTGGT
ATGTGAAGTTCGCAGGGCAACAAAAATTTCGCAGAATAGGCCTCAAAGTATTGGTAAAGA
AGACAACTAATCATCACGAGCTTCTGATATCAATACGAACGAGTCCTGTGATGGATGAAA
GAAAGTCGTATCGAAAATGTCAAGAGTCTGCCCAATGTAACTTACTTCAAAAAATAACGC
TTCCGCCAAGTACGTTCGAATAAACGTAATTTTAAAAATACATAAGGGGTGTTAGAAAGT
AAGCGACGGGATATAAGTTAGACTCAAGATTCCGCCGTAAAACGAGACTGATTCCGAAGA
TTGTTCGTGGATCTGGTCATGACTTTCACTGAGTAAGGAGTTTCGACATATGTCAATAAA
CACAAAAATAGAAGCTATTCGATCTGAAAAATATTAGGACAAGAAACTATCTCACGCTAG
CCCAGAATATTCACTCACCCACGGGCGATACTAAAGCACTATATAGTCGCGTGATTACTA
TACATATGGTACACATAAGAATCACGATCAGGTTCTCAATTTTCAACAATATATGTTTAT
TTGCATAGGTAATATTAGGCCTTTAAGAGAAGGATGGGTGAGATACTCCGGGGATGGCGG
CAATAAAGAAAAACACGATATGAGTAATAGGATCCTAATATCTTGGCGAGAGACTTAAGG
TACGAATTTTGCGCAATCTATTTTTTACTTGGCCAGAATTCATGTATGGTATAAGTACGA
ACTTTTTTGATCACTTTCATGGCTACCTGATTAGGATAGTTTGAGGAATTTCCCAAATAT
ACCGATTTAATATACACTAGGGCTTGTCACTTTGAGTCAGAAAAAGAATATAATTACTTA
GGGTAATGCTGCATACATATTCTTATATTGCAAAGGTTCTCTGGGTAATCTTGAGCCTTC
ACGATACCTGGTGAAGTGTT
|
